Chile Vamos se alzó como el gran ganador de estas elecciones Municipales 2016 en la Provincia de Chiloé para el caso de las alcaldías, que estuvo marcada por una abstención del 55,7%. Según cifras definitivas del Servicio Electoral con el 100% de las mesas escrutadas, el total de votos en las 10 comunas de la provincia sumó 67.459 (en 2012 votaron 70.969), siendo válidamente emitidos 65.426, los nulos 990 y los blancos 1.043.
De los válidamente emitidos, el conglomerado opositor alcanzó el 40,27% versus la Nueva Mayoría que tuvo el 34,84%. Así, Chile Vamos se quedó con las alcaldías de Castro, Chonchi, Dalcahue, Puqueldón, Quemchi y Quinchao, mientras que los oficialistas se alzaron vencedores en Curaco de Vélez (por 5 votos), Queilen y Quellón. En Ancud en tanto, se quedó con el puesto un independiente (ex DC).
Ajustados por el total de los habilitados para votar, que alcanzaron a 152.419 chilotes, las cifras son poco auspiciosas en general para todos los pactos, ya que Chile Vamos fue preferido por el 17,3%, la Nueva Mayoría por el 14,95% y los Independientes por el 10,16%.
Desde la testera opositora se esperaba mantener Queilen y Puqueldón además de ganar Ancud, Quemchi, Dalcahue y Castro, según expresó el Senador Iván Moreira hace poco más de una semana, esperando una lucha reñida en la capital provincial y un triunfo holgado en la ciudad del Pudeto.
Sin embargo, la sorpresa vino tras perder categóricamente Ancud y Queilen, pero ganar Chonchi y Quinchao, dos comunas que nadie esperaba y que se atribuyen, según fuentes del sector, al desgaste del edil Pedro Andrade post crisis marea roja por un lado y la división con que la Nueva Mayoría enfrentó Quinchao (Arístides Cárdenas y Sergio Aguero sumaron el 59,68% de los votos). En cuanto a Castro, la diferencia fue de alrededor de 9 puntos porcentuales, y también se atribuye a un desgaste de Nelson Águila que llevaba 20 años en el cargo, tiempo en el que la capital provincial se transformó en una de las ciudades con mejor calidad de vida del país.
| Comuna | Alcalde | Partido | Votos | % Votos | Padrón | % Padrón |
| Ancud | CARLOS GÓMEZ MIRANDA | IND | 7.242 | 46,20% | 37.520 | 19,30% |
| Castro | JUAN EDUARDO VERA SANHUEZA | UDI | 5.809 | 44,46% | 38.678 | 15,02% |
| Chonchi | FERNANDO OYARZÚN MACIAS | IND | 4.091 | 61,96% | 12.160 | 33,64% |
| Curaco de Vélez | LUIS CURUMILLA SOTOMAYOR | PDC | 1.059 | 48,22% | 3.637 | 29,12% |
| Dalcahue | JUAN SEGUNDO HIJERRA SERÓN | IND | 1.573 | 31,11% | 11.254 | 13,98% |
| Puqueldón | PEDRO NICOLÁS MONTECINOS MONTIEL | IND | 1.347 | 59,21% | 4.251 | 31,69% |
| Queilen | MARCOS PATRICIO VARGAS OYARZÚN | PDC | 2.042 | 58,28% | 5.979 | 34,15% |
| Quemchi | GUSTAVO ARMANDO LOBOS MARÍN | IND | 2.294 | 51,77% | 8.752 | 26,21% |
| Quellón | CRISTIAN FELIPE OJEDA CHIGUAY | PDC | 4.392 | 51,34% | 21.077 | 20,84% |
| Quinchao | WASHINGTON ULLOA VILLARROEL | UDI | 1.567 | 38,55% | 9.111 | 17,20% |
En cuanto a los Concejales, y dado que el Sistema Electoral es proporcional (que sustituyó al binominal), los resultados definitivos por comuna indican que en votación, la Nueva Mayoría venció con sobre el 50% de los escrutinios válidamente emitidos.
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